平成6年から観察路の草刈り、平成8・9年に山林を切り開き観察路を造成した。また周辺山林は生態系を保つため伐採、間伐等を手控えてきたので常緑広葉樹が大木となり暗い林となる。平成14年から20年にかけ明るい林を取り戻すため、山林不用木の伐採を実施した。
平成9年、アメリカザリガニの大発生によって沼の水生植物が喰い尽くされ沼の環境破壊がいっきょに進み、絶滅危惧種ベッコウトンボが絶滅の危機をむかえる。平成12年から現在も沼の生態系に大きな影響がある外来種(アメリカザリガニ)の捕獲、駆除を実施している。
平成16年磐田市桶ケ谷沼ビジターセンターの開設を機に絶滅の危機にあるベッコウトンボの保護、増殖を目指し沼の復元にむけ本格的に活動を開始する。
平成16・17年に水質浄化を図るべく沼南北の湿地帯を切り開き全長「200メートル幅2メートル」の水路を築造して水質浄化を図る。